LAMMPSはSandia国立研究所,Temple大学などの研究者によって開発・配布されている分子動力学アプリケーションで,
MPI, OpenMPなどのCPU並列計算からGPU, Xeon Phiなどのアクセラレータまでさまざまな並列環境で実行することができます.


株式会社オーティビーではLAMMPSをインストールした並列計算システムを全国販売しております.

LAMMPSによる並列計算

分子動力学LAMMPSにおけるXeon Phiのベンチマーク結果イメージ

分子動力学LAMMPSにおけるXeon Phiのベンチマーク結果イメージ


LAMMPSは現在Sandia国立研究所,Temple大学などの研究者によって開発・配布されているオープンソースの分子動力学アプリケーションです.
LAMMPSの中にさまざまなパッケージが含まれており,生体分子,金属,有機化合物などの古典的な分子動力学計算だけでなく,固体のクラックや流体計算を含んだ計算なども行うことができます. また他のソフトとの連携でメゾスケールからマルチスケールの解析を行うこともできます.

LAMMPSではMPIによる並列計算を行うようになっており,デスクトップPCからクラスタまで幅広いプラットフォームで利用することができます.また計算モデルによっては,MPI以外のOpenMP,GPU,Xeon Phiなどを利用することで,計算を高速化させることが可能です.

ここではIntel Xeon Phi 31S1Pを使ったベンチマーク結果について紹介します.
ベンチマーク対象の問題として,LAMMPSソースコードのUSER-INTELパッケージ内のProtein(rhodo)のデータを使用しています。

 

CPU・Xeon Phiベンチマーク
分子動力学LAMMPSにおけるXeon Phiのベンチマーク実行環境

分子動力学LAMMPSにおけるXeon Phiのベンチマーク実行環境

分子動力学LAMMPSにおけるXeon Phi利用方法

分子動力学LAMMPSにおけるXeon Phiのベンチマーク内容

LAMMPSにおけるCPUとXeon Phiのベンチマーク結果(1)

LAMMPSにおけるCPUとXeon Phiのベンチマーク結果(2)

LAMMPSにおけるCPUとXeon Phiのベンチマーク結果まとめ

 

 
ハードウェア:
 
スタンドアローンPC  (OTB製サーバ等
 
MPIクラスター (OTB製
   
 
コンパイラ:GNU,インテルコンパイラに対応します.当社はインテル ソフトウェア開発製品の販売代理店です.
   
 
システム構築: OTBで行います.可視化ソフトなどの周辺ツールについてもご相談承ります.
   
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